Malschendorf entstand im 11./12. Jahrhundert als Ansiedlung fränkischer Bauern, die zu dieser Zeit das Schönfelder Hochland in Besitz nahmen. Zu gleicher Zeit wurde auch der Nachbarort Krieschendorf gegründet, der im Jahr 1378 erstmals urkundlich erwähnt wurde. Beide Dörfer unterstanden politisch und kirchlich der Grundherrschaft und Kirche von Schönfeld und wuchsen im Laufe der Zeit zusammen. Neben der Landwirtschaft war auch der Obstanbau von Bedeutung. Anfang des 20. Jahrhundert wurde durch Gustav Tiebel die noch heute beliebte “Naturschänke Malschendorf” gegründet.

1950 wurden Malschendorf und Krieschendorf auch politisch zu einer Landgemeinde vereinigt. Der Ort schloss sich am 1. März 1994, drei Monate nach deren Gründung, der Großgemeinde Schönfeld-Weißig an und gehört seit dem 1. Januar 1999 zu Dresden.